2018-03-01から1ヶ月間の記事一覧

Dockerコンテナ上でNGSのソフトウェアを実行してみる(Windows10・MacOSXローカル環境編)

きっかけ 近年では、BiocondaのようなBiology関連ソフトウェアに対するパッケージマネージャが登場し、NGS関連のソフトウェアのインストールがグッと簡単になりました(Biocondaが登場する前は、いちいちソースコードからコンパイルする必要があったり、各ソ…

ART: シミュレーション用のRNA-seqデータを作成する

テスト用のFASTQファイルの作成 ART (a next-generation sequencing read simulator)を用いて、テスト用のFASTQファイルを作成します。 ARTのインストール ※ Biocondaをインストールしていることを前提にしています。 ARTをインストールします。 $ conda int…

Seleniumコトハジメ - PubMed検索とUCSC Genome browserへのCustom Trackのアップロードを自動化してみた

はじめに Seleniumとは、Webアプリケーションの画面操作を自動化するためのツールです。主に、Webアプリケーション開発のUIテスト時に利用するものです。また、キー入力などの操作を自動化できることから、Webスクレイピングのツールとして活用される例もあ…