概要 Ribo-seq (Ribosome Profiling)とは、リボソームが結合しているRNA領域をシークエンスする手法です。この方法を利用することで、mRNAのどの領域が翻訳されているか、つまりはORFを予測することができます。また、特定の刺激などによる翻訳活性の変化を…

概要 CLIP-seqとは、RNA結合タンパク質（RBP）の結合サイトを網羅的に同定する手法です。CLIP-seqには主に、HITS-CLIP、iCLIP、PAR-CLIP、eCLIPの４種類が存在します。今回は、中でも幅広く利用されているPAR-CLIPのデータについて取り上げたいと思います。 …

概要 RNA-seqのデータを用いて、Alternative splicingのイベント（後述）の変化を検出する方法（2群間のデータの比較）を紹介します。 ここでは、データのダウンロード方法からLinuxを用いたデータ解析まで、Alternative splicingのデータ解析の詳細をStep b…

概要 BRIC-seqはゲノムワイドにmRNAとlncRNAのRNA分解速度を測定する方法です。 ここでは、データのダウンロード方法からLinuxを用いたデータ解析まで、BRIC-seqのデータ解析の詳細をStep by Stepで説明します。 ただし、基本的なLinuxのコマンド操作は理解…

概要 RNA-seqのデータを用いて、siRNAによるノックダウンや特定の刺激により発現量が変動したRNA群を同定する方法（2群間のデータの比較）を紹介します。 ここでは、データのダウンロード方法からLinuxを用いたデータ解析まで、RNA-seqのデータ解析の詳細をS…

概要 Windowsのアプリストアに「Microsoft HoloLens」という名前のHoloLensとパソコンの連携を簡単にする公式アプリがあります。 そのアプリのインストール方法とできることについてまとめたいと思います。 インストール 「Microsoft HoloLens」は日本版のア…

概要 RNA-seqのデータを用いて、siRNAによるノックダウンや特定の刺激により発現量が変動したRNA群を同定する方法（2群間のデータの比較）を紹介します。 ここでは、データのダウンロード方法からLinuxを用いたデータ解析まで、RNA-seqのデータ解析の詳細をS…

概要 コマンドラインパーサとして、argparseと呼ばれるPythonの標準パッケージが存在するが、使い勝手がいまいちだと感じています（あくまで個人的な感想ですが…）。 今回は、たまたま見つけたclickと呼ばれるサードパーティ製のPythonパッケージを用いてコ…