RNA-seq

ART: シミュレーション用のRNA-seqデータを作成する

テスト用のFASTQファイルの作成 ART (a next-generation sequencing read simulator)を用いて、テスト用のFASTQファイルを作成します。 ARTのインストール ※ Biocondaをインストールしていることを前提にしています。 ARTをインストールします。 $ conda int…

RNA-seqデータ解析(Alternative splicingの解析, Strand-specific, Single-end)

概要 RNA-seqのデータを用いて、Alternative splicingのイベント(後述)の変化を検出する方法(2群間のデータの比較)を紹介します。 ここでは、データのダウンロード方法からLinuxを用いたデータ解析まで、Alternative splicingのデータ解析の詳細をStep b…

RNA-seqデータ解析(2群間比較, Strand-specific, Single-end)

概要 RNA-seqのデータを用いて、siRNAによるノックダウンや特定の刺激により発現量が変動したRNA群を同定する方法(2群間のデータの比較)を紹介します。 ここでは、データのダウンロード方法からLinuxを用いたデータ解析まで、RNA-seqのデータ解析の詳細をS…

RNA-seqデータ解析(2群間比較, Unstranded, Single-end)

概要 RNA-seqのデータを用いて、siRNAによるノックダウンや特定の刺激により発現量が変動したRNA群を同定する方法(2群間のデータの比較)を紹介します。 ここでは、データのダウンロード方法からLinuxを用いたデータ解析まで、RNA-seqのデータ解析の詳細をS…