NGS
きっかけ 近年では、BiocondaのようなBiology関連ソフトウェアに対するパッケージマネージャが登場し、NGS関連のソフトウェアのインストールがグッと簡単になりました(Biocondaが登場する前は、いちいちソースコードからコンパイルする必要があったり、各ソ…
テスト用のFASTQファイルの作成 ART (a next-generation sequencing read simulator)を用いて、テスト用のFASTQファイルを作成します。 ARTのインストール ※ Biocondaをインストールしていることを前提にしています。 ARTをインストールします。 $ conda int…
概要 Ribo-seq (Ribosome Profiling)とは、リボソームが結合しているRNA領域をシークエンスする手法です。この方法を利用することで、mRNAのどの領域が翻訳されているか、つまりはORFを予測することができます。また、特定の刺激などによる翻訳活性の変化を…
概要 CLIP-seqとは、RNA結合タンパク質(RBP)の結合サイトを網羅的に同定する手法です。CLIP-seqには主に、HITS-CLIP、iCLIP、PAR-CLIP、eCLIPの4種類が存在します。今回は、中でも幅広く利用されているPAR-CLIPのデータについて取り上げたいと思います。 …
概要 RNA-seqのデータを用いて、Alternative splicingのイベント(後述)の変化を検出する方法(2群間のデータの比較)を紹介します。 ここでは、データのダウンロード方法からLinuxを用いたデータ解析まで、Alternative splicingのデータ解析の詳細をStep b…
概要 BRIC-seqはゲノムワイドにmRNAとlncRNAのRNA分解速度を測定する方法です。 ここでは、データのダウンロード方法からLinuxを用いたデータ解析まで、BRIC-seqのデータ解析の詳細をStep by Stepで説明します。 ただし、基本的なLinuxのコマンド操作は理解…
概要 RNA-seqのデータを用いて、siRNAによるノックダウンや特定の刺激により発現量が変動したRNA群を同定する方法(2群間のデータの比較)を紹介します。 ここでは、データのダウンロード方法からLinuxを用いたデータ解析まで、RNA-seqのデータ解析の詳細をS…
概要 ENCODEプロジェクトとは、ポストゲノム研究戦略としてヒトゲノムの機能性エレメントの同定とその全体像を解明するために組織された国際プロジェクトの1つです。 RNA-seq、ChIP-seq、DNase-seq、Hi-C、ChIA-PET、eCLIP-seqなどの解析手法を用いて、毎月…
概要 次世代シーケンス(NGS)のデータ解析というとLinux OS上で作業するのが一般的で、Windowsで行うためにはVMwareやVirtualBoxでLinuxの仮想環境を構築する必要がありました。 ただ、この方法だと環境構築が面倒で、場合によってはうまく動かないケースが…
概要 NCBI GEOからまとめてSRAファイルを取得したい。 準備 Entrez Directのコンパイル済みのバイナリファイルをダウンロードして、パスを通すだけ。 * Entrez Direct ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/entrezdirect/ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/news/0…
概要 biocondaと呼ばれるパッケージマネージャーを用いて、バイオインフォマティクス関連のソフトウェアのインストールから、バージョン管理までを行うことができます。 バイオインフォマティクスの解析環境を用意しようと思っているなら、自力でソフトウェ…