Ribo-seqデータ解析 (RiboTaper, short ORF prediction)

概要 Ribo-seq (Ribosome Profiling)とは、リボソームが結合しているRNA領域をシークエンスする手法です。この方法を利用することで、mRNAのどの領域が翻訳されているか、つまりはORFを予測することができます。また、特定の刺激などによる翻訳活性の変化を…

PAR-CLIP解析データ(Peak calling, Motif discovery, Peak annotation)

概要 CLIP-seqとは、RNA結合タンパク質(RBP)の結合サイトを網羅的に同定する手法です。CLIP-seqには主に、HITS-CLIP、iCLIP、PAR-CLIP、eCLIPの4種類が存在します。今回は、中でも幅広く利用されているPAR-CLIPのデータについて取り上げたいと思います。 …

RNA-seqデータ解析(Alternative splicingの解析, Strand-specific, Single-end)

概要 RNA-seqのデータを用いて、Alternative splicingのイベント(後述)の変化を検出する方法(2群間のデータの比較)を紹介します。 ここでは、データのダウンロード方法からLinuxを用いたデータ解析まで、Alternative splicingのデータ解析の詳細をStep b…

BRIC-seqデータ解析(2群間比較, Unstranded, Single-end)

概要 BRIC-seqはゲノムワイドにmRNAとlncRNAのRNA分解速度を測定する方法です。 ここでは、データのダウンロード方法からLinuxを用いたデータ解析まで、BRIC-seqのデータ解析の詳細をStep by Stepで説明します。 ただし、基本的なLinuxのコマンド操作は理解…

RNA-seqデータ解析(2群間比較, Strand-specific, Single-end)

概要 RNA-seqのデータを用いて、siRNAによるノックダウンや特定の刺激により発現量が変動したRNA群を同定する方法(2群間のデータの比較)を紹介します。 ここでは、データのダウンロード方法からLinuxを用いたデータ解析まで、RNA-seqのデータ解析の詳細をS…

HoloLensとパソコンの連携を簡単にする「Microsoft HoloLens」

概要 Windowsのアプリストアに「Microsoft HoloLens」という名前のHoloLensとパソコンの連携を簡単にする公式アプリがあります。 そのアプリのインストール方法とできることについてまとめたいと思います。 インストール 「Microsoft HoloLens」は日本版のア…

RNA-seqデータ解析(2群間比較, Unstranded, Single-end)

概要 RNA-seqのデータを用いて、siRNAによるノックダウンや特定の刺激により発現量が変動したRNA群を同定する方法(2群間のデータの比較)を紹介します。 ここでは、データのダウンロード方法からLinuxを用いたデータ解析まで、RNA-seqのデータ解析の詳細をS…

Pythonパッケージ: 便利なコマンドラインパーサClickを使ってみる

概要 コマンドラインパーサとして、argparseと呼ばれるPythonの標準パッケージが存在するが、使い勝手がいまいちだと感じています(あくまで個人的な感想ですが…)。 今回は、たまたま見つけたclickと呼ばれるサードパーティ製のPythonパッケージを用いてコ…

ENCODEプロジェクトのNGSデータを活用する

概要 ENCODEプロジェクトとは、ポストゲノム研究戦略としてヒトゲノムの機能性エレメントの同定とその全体像を解明するために組織された国際プロジェクトの1つです。 RNA-seq、ChIP-seq、DNase-seq、Hi-C、ChIA-PET、eCLIP-seqなどの解析手法を用いて、毎月…

HoloLensを使ってPDBに登録されているタンパク質の立体構造を現実空間に投影する

概要 HoloLens向けのアプリをビルドして実機にデプロイするところをまとめてみました。 Microsoftが用意しているHello World的なチュートリアルをなぞってみます。 Holograms 100 ただのCubeを表示させるだけだと味気ないので、 www.rcsb.org PDBからタンパ…

Windows10でNGS解析をやってみる - Bash on Ubuntu on Windows × Bioconda

概要 次世代シーケンス(NGS)のデータ解析というとLinux OS上で作業するのが一般的で、Windowsで行うためにはVMwareやVirtualBoxでLinuxの仮想環境を構築する必要がありました。 ただ、この方法だと環境構築が面倒で、場合によってはうまく動かないケースが…

NCBI GEOからまとめてSRAファイルを取得する

概要 NCBI GEOからまとめてSRAファイルを取得したい。 準備 Entrez Directのコンパイル済みのバイナリファイルをダウンロードして、パスを通すだけ。 * Entrez Direct ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/entrezdirect/ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/news/0…

biocondaを利用してNGS関連のソフトウェアを一括でインストールする

概要 biocondaと呼ばれるパッケージマネージャーを用いて、バイオインフォマティクス関連のソフトウェアのインストールから、バージョン管理までを行うことができます。 バイオインフォマティクスの解析環境を用意しようと思っているなら、自力でソフトウェ…

Leap Motionを使ってVR上にデスクトップ画面を作ろう

はじめに Leap Motionとは Leap Motionは、手の位置や指一本一本の動きをトラッキングすることのできる赤外線センサーです。 VR向けに対応したOrion SDKを導入することにより、Oculus RiftやHTC Viveと組み合わせてVR空間で手をトラッキングすることも可能に…