はじめに Raspberry Piを操作するのに、ディスプレイをつないでいたら面倒です。そこで、SSH接続により他のPCからRaspberry Piに接続する方法をメモしておきたいと思います。また、よりセキュアな通信を行うために、BASIC認証ではなく、公開鍵認証にて接続を…
はじめに 会社や研究室でGitを使ったバージョン管理システムを構築したいというニーズが少なからずあると思います。言うまでもなく、ソースコードやそれに付随する書類を管理する上で、手作業でそれを行うのは非常に非効率だからです。 今回は、Linuxサーバ…
はじめに Gitのバージョン管理システムとしてGitHub、継続的インテグレーションツールとしてCircleCIやTravisCI、開発者向けのコミュニケーションツールとしてSlackといったクラウドサービス（SaaS）が注目を集めています（というより、昨今では当たり前に使…
Ubuntu 18.04 LTS（デスクトップ版）にWindowsもしくはMacOSからアクセス方法（いわゆる、リモートデスクトップのやり方）の紹介です。ネットで調べてみるといろいろな情報が散見されており、個人的にわかりにくかったのでやり方をまとめてみました。 以下で…
きっかけ 近年では、BiocondaのようなBiology関連ソフトウェアに対するパッケージマネージャが登場し、NGS関連のソフトウェアのインストールがグッと簡単になりました（Biocondaが登場する前は、いちいちソースコードからコンパイルする必要があったり、各ソ…
テスト用のFASTQファイルの作成 ART (a next-generation sequencing read simulator)を用いて、テスト用のFASTQファイルを作成します。 ARTのインストール ※ Biocondaをインストールしていることを前提にしています。 ARTをインストールします。 $ conda int…
はじめに Seleniumとは、Webアプリケーションの画面操作を自動化するためのツールです。主に、Webアプリケーション開発のUIテスト時に利用するものです。また、キー入力などの操作を自動化できることから、Webスクレイピングのツールとして活用される例もあ…
きっかけ 近年、NatureやCell, Scienceに論文が投稿される前に、preprintサーバであるBioRxivに投稿する流れが増えてきています（2015年以降、急激に増加。ちなみに、Natureなどの多くの主要ジャーナルが、preprintサーバへ事前に投稿することを許可している…
概要 Acerから出たAcer Windows Mixed Reality Development Editionが届いたので、セットアップ方法をまとめました。 設定方法 （１）HDMIケーブルとUSB3.0ケーブルをパソコンに差し込みます。 （２）しばらく待っていると、次のような画面が出てきます。 （…
概要 Ribo-seq (Ribosome Profiling)とは、リボソームが結合しているRNA領域をシークエンスする手法です。この方法を利用することで、mRNAのどの領域が翻訳されているか、つまりはORFを予測することができます。また、特定の刺激などによる翻訳活性の変化を…
概要 CLIP-seqとは、RNA結合タンパク質（RBP）の結合サイトを網羅的に同定する手法です。CLIP-seqには主に、HITS-CLIP、iCLIP、PAR-CLIP、eCLIPの４種類が存在します。今回は、中でも幅広く利用されているPAR-CLIPのデータについて取り上げたいと思います。 …
概要 RNA-seqのデータを用いて、Alternative splicingのイベント（後述）の変化を検出する方法（2群間のデータの比較）を紹介します。 ここでは、データのダウンロード方法からLinuxを用いたデータ解析まで、Alternative splicingのデータ解析の詳細をStep b…
概要 BRIC-seqはゲノムワイドにmRNAとlncRNAのRNA分解速度を測定する方法です。 ここでは、データのダウンロード方法からLinuxを用いたデータ解析まで、BRIC-seqのデータ解析の詳細をStep by Stepで説明します。 ただし、基本的なLinuxのコマンド操作は理解…
概要 RNA-seqのデータを用いて、siRNAによるノックダウンや特定の刺激により発現量が変動したRNA群を同定する方法（2群間のデータの比較）を紹介します。 ここでは、データのダウンロード方法からLinuxを用いたデータ解析まで、RNA-seqのデータ解析の詳細をS…
概要 Windowsのアプリストアに「Microsoft HoloLens」という名前のHoloLensとパソコンの連携を簡単にする公式アプリがあります。 そのアプリのインストール方法とできることについてまとめたいと思います。 インストール 「Microsoft HoloLens」は日本版のア…
概要 RNA-seqのデータを用いて、siRNAによるノックダウンや特定の刺激により発現量が変動したRNA群を同定する方法（2群間のデータの比較）を紹介します。 ここでは、データのダウンロード方法からLinuxを用いたデータ解析まで、RNA-seqのデータ解析の詳細をS…
概要 コマンドラインパーサとして、argparseと呼ばれるPythonの標準パッケージが存在するが、使い勝手がいまいちだと感じています（あくまで個人的な感想ですが…）。 今回は、たまたま見つけたclickと呼ばれるサードパーティ製のPythonパッケージを用いてコ…
概要 ENCODEプロジェクトとは、ポストゲノム研究戦略としてヒトゲノムの機能性エレメントの同定とその全体像を解明するために組織された国際プロジェクトの１つです。 RNA-seq、ChIP-seq、DNase-seq、Hi-C、ChIA-PET、eCLIP-seqなどの解析手法を用いて、毎月…
概要 HoloLens向けのアプリをビルドして実機にデプロイするところをまとめてみました。 Microsoftが用意しているHello World的なチュートリアルをなぞってみます。 Holograms 100 ただのCubeを表示させるだけだと味気ないので、 www.rcsb.org PDBからタンパ…
概要 次世代シーケンス（NGS）のデータ解析というとLinux OS上で作業するのが一般的で、Windowsで行うためにはVMwareやVirtualBoxでLinuxの仮想環境を構築する必要がありました。 ただ、この方法だと環境構築が面倒で、場合によってはうまく動かないケースが…
概要 NCBI GEOからまとめてSRAファイルを取得したい。 準備 Entrez Directのコンパイル済みのバイナリファイルをダウンロードして、パスを通すだけ。 * Entrez Direct ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/entrezdirect/ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/news/0…
概要 biocondaと呼ばれるパッケージマネージャーを用いて、バイオインフォマティクス関連のソフトウェアのインストールから、バージョン管理までを行うことができます。 バイオインフォマティクスの解析環境を用意しようと思っているなら、自力でソフトウェ…
はじめに Leap Motionとは Leap Motionは、手の位置や指一本一本の動きをトラッキングすることのできる赤外線センサーです。 VR向けに対応したOrion SDKを導入することにより、Oculus RiftやHTC Viveと組み合わせてVR空間で手をトラッキングすることも可能に…
